Le site Natura 2000 de la Basse-Sioule abrite 10 habitats naturels d'intérêt communautaire. Ces habitats sont rares à l'échelle européenne, et leur préservation est donc une priorité pour le réseau Natura 2000.
Parmi ces habitats on trouve :
- Les forêts alluviales constituées d'un boisement linéaire étroit de Frêne, de Chêne, d'Aulne glutineux, de Saule, mais aussi d'Orme lisse et de Peuplier noir. Le site Natura 2000 abrite 4 types de forêts et forêts alluviales.
- Les pelouses à orpins et pelouses à épervières, milieux ouverts à
végétation rase dont la présence est liée à la dynamique de la rivière (alternance des phénomènes d'érosion et de dépôt de bancs alluvionnaires) qui accueillent, entres autre l'épervière de la Loire.
- Les vases exondées et végétations de berges graveleuses, qui sont des habitats temporaires existant grâce à la fluctuation des niveaux d'eau entre hiver et été, et qui peuvent accueillir certaines espèces végétales typiques comme les Bidens ou les lindernies.
- Les eaux stagnantes qui se rencontrent dans les bras morts de la rivière et qui constituent des sites privilégiés de fraies pour le Brochet.
- Les lisières humides, habitat de transition entre rivière et
