La Basse-Sioule accueille un grand nombre d'espèces remarquables tant au niveau floristique que faunistique. Ainsi le Site Natura 2000 de la Basse-Sioule accueille 18 espèces d'intérêts majeurs.
La Sioule est une rivière dynamique, tout comme sa grande soeur l'Allier, mais dans une moindre mesure. Cette particularité lui permet d'être le "refuge" d'espèces typiques des grandes rivières comme le Héron bihoreau qui niche et vit discrètement dans les arbres des berges.
Le Saumon Atlantique, quant à lui,remonte la rivière tous les ans pour se reproduire (en 2012 plus d'une centaine de saumon a franchi le seuil du Moulin Breland à Contigny).
Les forêts de bord de Sioule accueille également de nombreux insectes comme le Lucane Cerf-volant ou des animaux discrets comme les chauves souris.
Le Lucane Cerf-volant est un insecte (famille des Coléoptères) dont la larve se développe dans le bois mort durant près de 6 ans. En devenant adulte, il se dédie à la reproduction avant de mourir.
Les chauves-souris ne fréquentent la Sioule que pour chasser, mais certaines colonies de reproducion sont connues en périphérie du site. On retrouve parmi les 12 espèces qui fréquentent le site :
- Le Petit-Rhinolophe, une des rares espèces en France à se replier dans ses ailes pour hiberner. C'est aussi une des espèces du site dont on connait des sites de reproductions aux alentours avec une méta-colonie (plusieurs petites colonies très proches géographiquement, qui forment une colonie plus importante)
- La Barbastelle, espèce très reconnaissable par son faciès peu commun avec des oreilles jointives à la base. D'ordinaire plutôt forestière, une petite colonie est néanmoins connue sur la commune de Barberier.
